Pada zaman Gubernur Van Waardenburg tepatnya mulai 1 April 1952 wilayah Papua dibagi dalam 4 Afdeling.
Wilayah Paniai merupakan bagian dari Afdeling Central Nieuw Guinea yang terbagi dalam 3 Onder Afdeling yaitu :
a. Onder Afdeling Wisselmeren dengan ibu kota Enarotali.
b. Onder Afdeling Tigi dengan ibu kota Waghete.
c. Onder Afdeling Grothe Valley dengan ibu kota Wamena.
Dalam perkembangan selanjutnya wilayah Paniai dimasukkan dalam Afdeling Geelvinkabaai yang berkedudukan di Biak sebagai Waarnement Residen dengan 2 Onder Afdeling yakni Wisselmeren (Enarotali) dan Tigi.
Sedangkan Onder Afdeling Baliem Valley dimasukan dalam Afdeling Holandia (Jayapura).
Adapun nama-nama HPB Onder Afdeling Wisselmeren sejak 10 November 1938 sampai dengan tahun 1962 menjelang penyerahan kekuasaan, sebagai berikut :
1. Dr. J. F. Stutterheim Periode 10-11-1938 s/d Feb 1939.
2. Dr. J. V. de Bruin Periode Feb 1939 s/d 1947.
3. Meyer Raneff Periode 1947 s/d 1949.
4. Raphael de Haan Periode 1949 s/d 1955.
- J. Massink Periode 1955 s/d 1960.
- Mr. J. Ch. Haring Periode 1960 s/d 1962
7. Mr. Kron Periode 1962 s/d UNTEA
Sedangkan yang menjadi HPB Tigi (Waghete) pada tahun 1961 adalah Masaairuc.
Sementara itu pejabat-pajabat wilayah Distrik di Wisselmeren dan Tigi sejak 10 November 1962 menjelang penyerahan kekuasaan adalah sebagai berikut :
- H. Bosh, Adjunct Administratif Ambtenaar (A.A.A), Distrik Paniai Timur.
- L. Latenstein, A.A.A., Distrik Paniai Barat.
- Weinand Wambrauw, Candidaat Bestuur Assistant (C.B.A), Distrik Aradide merangkap Homeyo.
- Hans Inggabouw, Bestuur Assistant (B.A), Distrik Tigi.
- Florens Imbiri, Candidaat Bestuur Assistant (C.B.A), Distrik Moanemani.
- Edmundus Inggirik (C.B.A) Distrik Mapia
- Andreas Karma, Candidat bestuuur Assistent (C.B.A), Distrik Nabire
Pembagian terakhir menjelang penyerahan kekuasaan pada Tahun 1961 wilayah Papua terbagi dalam 6 Afdeling, 83 Onder Afdeling, 83 Distrik dari 2.087 Dorp serta 5 wilayah eksplorati.
Pada zaman itu Paniai masuk dalam Central Bergland dengan kedudukan Ibukota sementara di Holandia.
Di wilayah Paniai terdapat 2 Onder Afdeling yaitu Wisselmeren dan Tigi serta terdapat 5 wilayah Eksplorati Resort (daerah Operasi), yaitu Westelijke Bergland, Bokondini en Zwart Valley dan Noord Oost en West Baliem serta Oostelijke Bergland.
Pada masa pemerintahan kedua Onder Afdeling tersebut memiliki wilayah Distrik yang meliputi :
Onder Afdeling Wisselmeren meliputi :
- Distrik Paniai Timur
- Distrik Paniai Barat
- Distrik Aradide
Onder Afdeling Tigi meliputi 3 wilayah Distrik yaitu :
- Distrik Tigi
- Distrik Kamu
- Distrik Teluk Sarera di Nabire
- Jaman Pemerintahan Republik Indonesia
Setelah Irian Barat, kini Papua kembali ke Pangkuan Ibu Pertiwi, maka dengan Surat Keputusan Wakil Perdana Menteri Republik Nomor : 120/PM/1965 tanggal 23 November 1965, Paniai ditetapkan menjadi Kabupaten Administratif yang terlepas dari Kabupaten Jayawijaya, dengan Ibukota Enarotali.
Berhubung Ibukota Enarotali berada di daerah pedalaman, maka berdasarkan pertimbangan efektifitas dan efisiensi, Ibukota Kabupaten Paniai dipindahkan dari Enarotali ke Nabire pada tahun 1966.
Pemindahan ibukota ke Nabire karena wilayahnya terletak di Daerah Pantai yang merupakan pintu masuk ke daerah pedalaman melalui transportasi laut.
Pemindahan ibukota dari Enarotali ke Nabire sesuai dengan Surat Usul Bupati Administratif Paniai Nomor : 1035/PU/66 tanggal 17 Oktober 1966.
Sejalan dengan Pergantian Undang-undang Pemerintahan daerah, yaitu nomor 18 tahun 1965, maka Pemerintah Pusat menetapkan Undang-undang Nomor 12 tahun 1969 tentang Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-Kabupaten Otonom di Irian Barat.
Dengan demikian Kabupaten Administratif Paniai ditetapkan menjadi Kabupaten Otonom atau Kabupaten Daerah Tingkat II Paniai.
Pembangunan Daerah sejak Pelita I dan seterusnya, menuntut adanya peningkatan pelayanan Pemerintah dalam menjawab kebutuhan masyarakat yang semakin meningkat, menyebabkan pada tahun 1984 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor : 821.26-769 tanggal 3 Oktober 1984, Kabupaten Dati II Paniai dibentuk 2 wilayah Pembantu Bupati yaitu Pembantu Bupati Enarotali dan Pembantu Bupati Mulia.
Sehingga secara administratif Kabupaten Dati II Paniai dibagi menjadi 2 wilayah Pembantu Bupati, 17 Kecamatan, 9 Perwakilan Kecamatan, 332 Desa, 9 Kelurahan dan 6 UPT sebagai Desa Persiapan.
Kemudian berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor : 65 Tahun 1996 tentang Penetapan 63 Kecamatan di Provinsi Irian Jaya. Kecamatan tersebut diatas ditetapkan menjadi Kecamatan definitif.
