Disebutkan dalam perkembangannya Nabire telah melalui fase-fase perkembangan dari sebelum masuknya Pemerintahan Belanda, jaman Pemerintahan Belanda dan jaman Pemerintahan RI hingga saat ini.
- Jaman Sebelum Pemerintahan Belanda
Hingga saat ini, karena keterbatasan sumber data/informasi maka apa dan bagaimana penyelenggaraan pemerintahan pada fase ini belum bisa diuraikan.
- Jaman Pemerintahan Belanda
Wilayah Tanah Papua sudah sejak Tahun 1828 dianggap sebagai bagian dari wilayah/tanah jajahan Belanda di Kepulauan Indonesia.
Namun kekuasaan Pemerintahan Belanda baru benar-benar terwujud di Papua ini pada tahun 1898 ketika Tweede Kamer (Parlemen Belanda) mensahkan Anggaran Belanja sebesar F. 15.000 (Gulden), untuk mendirikan pemerintahan di daerah jajahannya.
Papua pada waktu itu Irian Barat dibagi menjadi dua bagian, masing-masing dikuasai oleh Kontrolir Belanda, bagian utara dinamakan Afdeling Noord Nieuw Guinea berkedudukan di Manokwari dan menguasai daerah yang terbentang dari Jamursba (Kaap de Guide Hoop). Sebelah barat sampai ujung timur Teluk Humbolt.
Kemudian bagian barat dinamakan West en Zuid Nieuw Guinea berkedudukan di Fakfak dan menguasai Daerah Jamursba ke selatan, menyusur ke timur sampai ke perbatasan daerah jajahan Inggris (PNG sekarang).
Dengan demikian wilayah Kabupaten Dati II Paniai sebelum dimekarkan masuk ke Noord Guinea dan sebagian lagi masuk ke West en Zuid Nieuw Guinea.
Berkali-kali Pemerintahan Penjajah Belanda mengadakan pembagian wilayah Papua ini untuk memudahkan jangkauan penguasaan atas daerah jajahannya.
Upaya pembagian daerah dalam satuan-satuan Daerah Administratif selalu terbentur pada kenyataan yang sulit, sehingga akhirnya harus menyesuaikan diri dengan kenyataan kondisi wilayah.
Hingga tahun 1930 orang belum mengetahui adanya penduduk di Daerah Pegunungan Tengah, demikian pula penduduk daerah ini belum mengetahui adanya Pemerintah yang menguasai wilayahnya.
Oleh sebab itu Pos Pemerintahan pertama yang ada di 3 wilayah ini dulu (Nabire, Paniai dan Puncak Jaya) pada masa Penjajahan Belanda sampai tahun 1938 hanya terdapat pada 2 (dua) tempat dipesisir pantai yaitu :
Pos Pemerintahan yang pertama di Kwatisore (Distrik Yaur sekarang) dibuka pada tahun 1912 oleh Gezaghebberd Welt dari Onder Afdeling di Manokwari.
Pos Pemerintahan pertama di Napan Weinami setelah Bestuur Assistent dari Serui mengunjungi Napan tahun 1920 dan untuk pertama kalinya ditempatkan Bestuur Assistent bernama A. Thenu di Napan Weinami, wilayah kekuasaannya meliputi seluruh Pesisir Pantai ke Goni dan Daerah Pedalaman.
Awal mula dibukanya Pos Pemerintahan Belanda di Enarotali (Wisselmeren) setelah Pastor Tillemans mengunjungi daerah-daerah pedalaman Paniai melalui Kokonau pada tahun 1932 dengan misi penginjilan Katholik.
Kemudian awal April 1937 di sebelah barat pegunungan tengah Letnan Dua Laut Ir. F.J. Wissel Pilot dari perusahaan Nederlands Nieuw Guinea Petroleum Maatschapij (NNGPM), menemukan gugusan danau di kawasaan pegunungan yang sama sekali belum dikenal, bahkan di peta bumi masih berwarna putih.
Untuk memastikan penemuan ini, tanggal 18 September 1937 dimulailah ekspedisi yang dipimpin langsung oleh Assitent Residen Fakfak Dr. J.W. Cator dan pada tanggal 3 Oktober 1937 menemukan sekelompok masyarakat pegunungan.
Penduduk disini termasuk Suku Kapauku yang kemudian dikenal saat ini dengan nama Suku Ekagi.
Dalam perjalanan pulang, Cator mengajak beberapa orang Marga Zonggonau dari Suku Moni sebagai Penunjuk Jalan dan Juru Bahasa.
Pada tanggal 10 November 1938, Pos Pemerintahan Belanda dibuka untuk pertama kali, pejabat yang pertama kali bertugas disini adalah J.F. Stutterheim, sebagai Assistent Controleur, kemudian awal Februari 1939 Dr. J.F. Victor De Bruin menggantikannya sebagai Controleur di Wisselmeren.
Beberapa tahun kemudian Pemerintah Belanda membuka Onder Distrik di Nabire, yaitu pada tahun 1942, dengan Pejabat Distrik Hooft Bestuur Assistent (H.B.A.) Somin Soumokil.
